学校環境衛生基準は、学校保健安全法第６条 に次のように定められています。
1.文部科学大臣は、学校における換気、採光、照明、保温、清潔保持その他環境衛生に係る事項（学校給食法 （昭和二十九年法律第百六十号）第九条第一項 （夜間課程を置く高等学校における学校給食に関する法律 （昭和三十一年法律第百五十七号）第七条 及び特別支援学校の幼稚部及び高等部における学校給食に関する法律 （昭和三十二年法律第百十八号）第六条 において準用する場合を含む。）に規定する事項を除く。）について、児童生徒等及び職員の健康を保護する上で維持されることが望ましい基準（以下この条において「学校環境衛生基準」という。）を定めるものとする。
２ 　学校の設置者は、学校環境衛生基準に照らしてその設置する学校の適切な環境の維持に努めなければならない。
３ 　校長は、学校環境衛生基準に照らし、学校の環境衛生に関し適正を欠く事項があると認めた場合には、遅滞なく、その改善のために必要な措置を講じ、又は当該措置を講ずることができないときは、当該学校の設置者に対し、その旨を申し出るものとする。

学校環境衛生基準　は、次のように定められています。

第１ 教室等の環境に係る学校環境衛生基準
　　換気及び保温等
　　採光及び照明
　　騒音
第２ 飲料水等の水質及び施設・設備に係る学校環境衛生基準
　　水質
　　施設・設備
第３ 学校の清潔、ネズミ、衛生害虫等及び教室等の備品の管理に係る学校環境衛生基準
　　学校の清潔
　　ネズミ、衛生害虫等
　　教室等の備品の管理
第４ 水泳プールに係る学校環境衛生基準
　　水質
　　施設・設備の衛生状態
第５ 日常における環境衛生に係る学校環境衛生基準
　　教室等の環境
　　飲料水等の水質及び施設・設備
　　学校の清潔及びネズミ、衛生害虫等
　　水泳プールの管理
第６ 雑則