熊本支社の管内では、JR発足時、熊本客車区に寝台特急運用車などが所属していた。九州方面の最後のブルートレイン「はやぶさ」「富士」も担当する。2009年3月にブルートレインは全廃となり、その後は「SL人吉」のみが営業車として残っている。
14系
 寝台車
 1971年に登場した、分散電源方式の寝台特急向け車両。JR発足時は、「さくら」「みずほ」の九州方8両として運用。14系と14系15形が混在していた。1994年12月に「みずほ」廃止、「さくら」は長崎へ移管されて定期運用消滅。間もなく配置が無くなるが、2005年3月に「はやぶさ」「富士」運用車が転入して復活した。2009年3月に運用を終了。九州鉄道記念館でスハネフ14-11が保存されているほか、くま川鉄道多良木駅に隣接する列車ホテル「ブルートレインたらぎ」にも、最後まで活躍したうちの2両が保存されている。

  1986.11.1 特急「さくら」「みずほ」運用車が品川から転入
  1994.12.3 「みずほ」廃止、「さくら」運用車が長崎へ転出
  2005.3.1 「はやぶさ」「富士」運用車が長崎より転入
  2009.3.14 「はやぶさ」「富士」廃止
   
 2016.8  スハネフ14-11:九州鉄道記念館  2017.8  スハネフ14-3:ブルートレインたらぎ
 
 2017.8 オハネ15-2003:ブルートレインたらぎ
 形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考
オロネ14 0番台 5 国鉄 1987.4 1994.12
オハネ15 0番台 7 1997.11
スハネフ15 0番台 4 1997.11
オハネ14 0番台 11 1998.3
700番台 6 1996.9 カルテット
スハネフ14 0・100番台 10 1994.12
オシ14 0番台 6 1994.12
オロネ15 3000番台 5 長崎 2005.3 2010.4
オハネ15 0番台 5 2014.2
1000番台 6 2010.4
2000番台 5 2010.4 ソロ
スハネフ15 0番台 4 2010.4
スハネフ14 0・100番台 6 2013.8
 座席車
 JR発足時、定期運用は無く、臨時等で使用された。1994年に消滅している。
 形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考
オハ14 0番台 8 国鉄 1987.4 1994.3
スハフ14 0番台 2 1994.3
オハフ15 0番台 2 1994.3
24系
 1973年に登場した、集中電源方式の寝台特急向け車両。JR発足直前の1986年に、「はやぶさ」「富士」「なは」の付属編成7両が転入した。1997年11月に「はやぶさ」「富士」の基本編成、2004年3月に「なは」の基本編成が鹿児島から転入。「はやぶさ」「富士」は、2005年3月に14系へ変更となり、最後に残った「なは」も2008年3月に廃止となった。

  1986.11.1 品川から「はやぶさ」「富士」、向日町から「なは」の付属編成転入
  1997.11.29 「はやぶさ」「富士」基本編成が鹿児島から転入
  1999.12.4 「はやぶさ」が14系「さくら」と併結となる
  2004.3.13 「なは」基本編成が鹿児島から転入
  2005.3.1  「はやぶさ」「富士」を14系に置き換え
  2005.10.1 「なは」が14系「あかつき」と併結となる
  2008.3.14 「なは」廃止
   
1989.3 100番台、はやぶさ:東京駅 1989.3 1000番台:東京駅 
 形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考
オロネ25 0番台 6 国鉄 1987.4 2005.2
オハネ25 0番台 17 2009.3  
1000番台 5 1999.12 ソロ
オハネフ25 100・200番台 14 2009.7
オハ24 700番台 5 2005.10 ロビーカー
オシ24 100番台 5 1998.3
カニ24 0番台 5 鹿児島 1997.11 2009.8
オハネフ25 2100番台 2 鹿児島 2004.3 2009.2 デュエット
2200番台 1 2008.12 デュエット
スハネ25 2100番台 3 2009.3 ソロ
オハ24 300番台 3 2006.1 レガート
12系
 1969年に登場した、急行・臨時向けの座席車。JR発足時、定期運用は無く、臨時等で使用された。2002年に消滅している。
 形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考
オハ12 0番台 16 国鉄 1987.4 2002.3
スハフ12 0番台 4 2002.3
オハフ13 0番台 4 2002.3
 ジョイフルトレイン
○海編成
 1980年6月に登場した、九州地区の和式お座敷列車。全国初の12系改造のお座敷列車である。1994年6月引退。
 名称 番号 両数  前歴  登場  消滅
海編成 スロフ12 801-802
オロ12 801-804
6 スハフ12-0
オハ12-0
1980.3 1995.1
50系
 ジョイフルトレイン
○あそBOY→SL人吉
 1988年8月に登場した、SL「あそBOY」専用客車。2009年に再改造され、「SL人吉」専用客車となった。2020年7月の豪雨により肥薩線が不通となったため、その後は不定期で鳥栖〜熊本間などを運行している。
 
1989.3 あそBOY  2021.11 SL人吉:肥前旭駅
 名称 番号 両数  前歴  登場  消滅
あそBOY オハフ50 701-702
オハ50 701
3 オハフ50-0
オハ50-0
1988.8 2009.3
SL人吉 オハフ50 701-702
オハ50 701
3 あそBOY 2009.3
事業用
 マヤ34形
 軌道の狂いを検測するための車両で、1959年から81年にかけて10両製造された。うち9両がJR6社に引継がれ、JR九州の2009は2020年現在まだ現役である。
2016.9 マヤ34-2009:東郷駅
形式別車両数

1987 1990 1992 1995 1998 2000 2002 2005 2008 2010 2012 2015 2018 2020
24系 52 55 54 52 65 52 36 51 18
14系 61 61 61 13 31 31 15 9
12系 30 30 30 24 24 13
50系 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
マニ50 1 1 1
マヤ34 1 1 1 1 1 1 1 1

熊本支社(客車)