JR発足時、客車の営業車は名古屋客車区と沼津運転区に配置されていたが、翌年に名古屋へ集約される。1993年8月からは、一部が美濃太田運輸区へ移管された。2009年のオハフ46形廃車により、JR東海管内は客車の配置が無くなっている。
14系
1972年に登場した、特急向けリクライニングシート座席車。JR発足後は臨時列車等で運用された。2005年に最後の4両がJR四国へ譲渡され、さらに2016年には東武鉄道へ移ってSL「大樹」の客車となっている。
2018.6　東武鉄道下今市駅
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 オハ14 0番台 24 国鉄 1987.4 2005.5 4両→JR四国  スハフ14 0番台 7 2005.5 オハフ15 0番台 3 2005.5
ジョイフルトレイン
○ユーロピア 　1990年に、ユーロライナーの増結用として登場したもの。外観は塗装の変更のみで、座席が回転リクライニングシートとなっている。2004年に消滅。
12系
1969年に登場した、急行・臨時向けの座席車。JR発足時、定期運用は無く、臨時等で運用された。1996年に消滅している。
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 オハ12 0番台 16 国鉄 1987.4 1996.3 スハフ12 0番台 7 1995.12 オハフ13 0番台 1 1992.11
ジョイフルトレイン
○いこい 　1982年3月に登場した、名古屋地区の和式お座敷列車。外観は12系客車とほとんど変わらない。1997年2月引退。 ○お座敷 　1983年3月に登場した、名古屋地区の和式お座敷客車。名古屋にちなんで「ナコ座」と呼ばれた。開放式展望車が設けられていた。1999年10月廃車。 ○ユーロライナー 　1985年9月に登場した、名古屋地区の団体向け欧風客車。両端に展望室、中間車にはサンルーフが設けられ、専用塗装の機関車も登場した。2005年4月引退。
ユーロライナー
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 いこい スロフ12 811-812 オロ12 821-824 6 スハフ12-0 オハ12-0 1982.3 1997.3 お座敷 スロフ12 915-916 オロ12 829-832 6 スハフ12-0 オハ12-0 1983.3 1999.10 ユーロライナー スロフ12 701-702 オロ12 701-705 7 スハフ12-0 オハ12-0 1985.8 2005.7
43系
オハフ46形は、オハ47形の台車を改造したもの。JR発足時に国鉄から2両引継ぎ、1995年に1両が復籍して3両となった。トロッコファミリー号や臨時列車等で運用され、2009年の廃車後も保存目的で残されていたが、2013年頃に全車解体されている。
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 オハフ46 2000番台 2 国鉄 1987.4 2009.3 1 復籍 1995.3
事業用
オヤ31形
スハ32を改造した建築限界測定車。国鉄から1両がＪＲ東海に引き継がれていたが、1995年に廃車となった。その後は佐久間レールパークで保存され、今はリニア・鉄道館で展示されている。
2015.11　オヤ31-12：リニア・鉄道館
マニ44形
もとは荷物車だが、16両が「カートレイン」向けに改造された。1995年に消滅している。
1989.12　熱田駅
形式別車両数
名古屋車両区 1987 1990 1992 1995 1998 2000 2002 2005 14系 31 37 37 18 12系 37 39 31 22 13 7 7 7 43系 2 2 2 3 マニ50 2 2 2 1 マニ44 16 16 16 2 オヤ31 2 2 2 2 美濃太田車両区 1995 1998 2000 2002 2005 2008 14系 7 25 18 12 4 12系 7 4 4 4 4 43系 3 3 3 3 1 マニ44 8 沼津運転区 1987 14系 6 12系 6 静岡運転所 1987 1990 1992 1995 マニ50 1 1 1 1