老朽化が進むキハ10系やキハ20系の置き換えを目的として、1977年に登場した一般型気動車。車体は全長21,300mmの片開き2扉で、前面のデザインはキハ66系とほぼ同じ。座席はセミクロスシート。機関は新たに開発されたDMF15HSA（220ps）。台車は、暖地向けは従来からのコイルばねDT22D・TR51C、寒冷地向けは空気ばね・ペデスタル式のDT44・TR227または空気ばね・乾式円筒案内式のDT44A・TR227Aを採用している。制動はCLE。新製冷房であるキハ66系より後の登場だが、新製時はすべて非冷房だった。最高運転速度は95km/h。暖地向け、寒地向け、北海道向け合わせて888両が製造され、国鉄末期からＪＲ時代にかけて、日本全国でローカル線の主力として活躍している。両運のキハ40形、片運でデッキが無いキハ47形、片運デッキ付のキハ48形がある。
2021.11　氷見線雨晴〜越中国分間
国鉄
100番台
北海道向けの車両で、極寒地に対応するため、窓が小さくなっている。前面に車番が入っていることも特徴である。
1986.8　根室標津駅
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 101-250 150 新製 1977.2-82.5 1995.3 両運 キハ48 301-304 1301-1303 7 〃 1982.7 2012.7 片運
500番台
寒地向けの車両で、窓は上段が下降式、下段が上昇式となっている。おもに東北地方へ配置されている。
1985.8　久慈駅	1987.3　荒砥駅
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 501-594 94 新製 1977.12-82.8 両運 キハ47 501-522 1501-1521 43 〃 1978.7-80.8 片運デッキ無 キハ48 501-559 1501-1550 109 〃 1979.6-82.8 片運
2000番台
暖地向けの車両で、二段上昇式ユニット窓。キハ40系の中で最も数が多く、北海道を除く日本各地で使用されている。
1987.2　常陸太田駅
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2001-2148 148 新製 1979.6-82.6 両運 キハ47 1-193 1001-1134 327 〃 1977.2-82.6 片運デッキ無 キハ48 1-6 1001-1004 10 〃 1981.7-82.3 片運
JR北海道
100番台
国鉄時代に登場した、北海道向けのオリジナル形式。JR発足後は、多くが700・1700番台などに改造された。 　　北海道標準色（1991.1〜）
1988.3　上砂川駅	1988.3　増毛駅
1988.3　夕張駅	1991.3　北浜駅付近
形式 番台 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ40 100番台 61 国鉄 1987.4 1995.3 キハ48 300番台 4 国鉄 1987.4
700番台
キハ40形100番台をワンマン化改造したもので、塗装もJR北海道の標準色に変更された。100番台のうちキハ400形に改造されなかったものは、すべて700番台となっている。1997年には、JR発足10周年記念として「カニ」「イカ」「キタキツネ」のラッピング車が登場している。
1999.10　金山駅付近	2018.8　大沼公園駅
1999.10　北海道色（左）とカニラッピング車（右）：帯広駅
形式 番台 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ40 700番台 141 100番台 1990.6-95.3
1700番台
キハ40形700番台に対し、機関変速機を交換するなどの延命改造を行ったもの。700番台の全車を改造する予定だったが、結局84両で終了している。
2018.8　大沼駅	2021.12　帯広〜札内間
2017.9　東旭川駅	2021.8　当麻〜桜岡間
2021.9　国鉄一般色風：庶路駅
形式 番台 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ40 1700番台 84 700番台 2004..3-12.7
300・400番台
どちらも札沼線向けの出力増強車で、300番台は札幌近郊の混雑区間向け、400番台は石狩当別以北の閑散区間向け仕様となっている。400番台は、扉が緑色に塗装されている。
2016.9　400番台：新十津川駅付近
形式 番台 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ40 300番台 4 700番台 1996.1-3 330番台 6 キハ400 2000.6-8 400番台 2 700番台 1996.3 キハ48 1330番台 3 キハ480 2000.7-8 2012.12
350番台
日高線のキハ130を置換えるために、700番台を改造した出力増強車。独自塗装となっている。2015年以降、日高線のほとんどの区間が不通となっているため、日高線以外の区間でも使用されている。
2016.2　350番台日高線色：苫小牧駅	2016.9　350番台日高色：鹿ノ谷駅
形式 番台 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ40 350番台 10 700番台 1998.7-99.1
キハ400形
急行「宗谷」「利尻」「天北」で使用されていた客車列車を置きかえるために、キハ40系を改造して急行仕様としたもの。1988年に13両が改造された。2000年に「宗谷」が特急格上げとなったことにより運用がなくなり、再改造や廃車となっている。
1991.3　稚内駅
形式 番号 両数  前歴 登場  消滅  備考 キハ400 141-149 9 キハ40-100 1988.10 2000.8 501-503 3 キハ400-100 1997.12-98.4 お座敷車両 キハ480 304 1301-1303 4 キハ48 1988.10 2006.10
北海道の恵み
沿線地域の活性化を目的として、2018年に登場したもの。ラッピングだけではなく、内装も木などを活かしたものに改造されている。 　　「流氷の恵み」（2018.3〜）　（キハ40-1720） 　　「森の恵み」（2018.4〜）　（キハ40-1779） 　　「海の恵み」（2018.6〜）　（キハ40-1809） 　　「花の恵み」（2018.7〜）　（キハ40-1780）
2019.2　海の恵み：五稜郭駅	2021.8　流氷の恵み：北永山〜比布間
2022.9　花の恵み：苫小牧駅
山紫水明
「北海道の恵み」シリーズに続いて登場したもので、観光列車として運行可能となっている。2019年に登場している。 　　「山明」（2019.9〜）　（キハ40-1790） 　　「紫水」（2019.10〜）　（キハ40-1791）
2021.8　紫水：旭川駅
JR東日本
2012.11　只見線滝谷橋梁
東北地域本社
塗装は、東北地域本社色と呼ばれる緑の濃淡。左沢線運用車は専用塗装だった。陸羽東線・石巻線の定期運用は2015年3月に終了。最後まで残った只見線の運用も2020年3月に終了している。なお、只見線運用車のうち2両は小湊鉄道に譲渡されている。 　　左沢色（1990頃〜）　　　　　　左沢線向け専用塗装 　　東北地域本社色（1993頃〜）　東北地域本社管内の標準色
1990.3　左沢色：左沢駅
1998.10　東北地域本社色：中山平駅より	2012.11　東北地域本社色：会津坂下駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 500番台 37 国鉄 1987.4 キハ48 500番台 40 2015.9
盛岡支社
盛岡エリアでは、おもに八戸線、大湊線、津軽線にて運用。一時期、盛岡暫定と呼ばれる塗装があったが、盛岡色と赤鬼塗装に統一された。最後は八戸線で運用され、キハＥ130形500番台の投入により、2018年3月に運用が無くなっている。 　　盛岡暫定色（1987頃〜）　JR発足間もない頃の塗装、短期間で消滅 　　盛岡色（1989頃〜）　　　　盛岡客車区の標準塗装 　　赤鬼色（1989頃〜）　　　　大湊線ワンマン車向けの塗装 　　うみねこ塗装（2002.11〜）　八戸線の観光列車「うみねこ」向け、2011年頃消滅
1988.3　盛岡暫定色：八戸線
1988.3　赤鬼塗装：大湊駅	2017.10　盛岡色：長苗代駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 500番台 18 国鉄 1987.4 2020.10 キハ48 500番台 14 2020.11
秋田支社
秋田支社所属車は、弘前色と呼ばれる塗装になっていた時期もあるが、1997年から五能線運用車は青系の五能線色、男鹿線運用車は緑系の男鹿線色に変更された。男鹿線はEV-E801系、五能線はGV-E400系に置き換えられ、どちらも2021年3月に定期運用を終了している。 　　秋田色（1989頃〜）　南秋田運転所の標準塗装 　　弘前色（1989頃〜）　弘前運輸区の標準塗装 　　男鹿線色（1997.11〜）　男鹿線向けの新塗装 　　五能線色（1997.12〜）　五能線向けの新塗装
2017.6　五能線色：鶴泊駅	2017.6　五能線色：陸奥鶴田駅付近
2019.6　男鹿線色：上飯島駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 500番台 24 国鉄 1987.4 キハ48 500番台 18
新潟支社
新潟エリアでは、国鉄から引継いだのは29両であるが、転入車もあり、最大40両が所属した。2種類の地域塗装のほか、国鉄の急行風塗装など、カラフルであった。2020年7月に只見線の定期運用を終え、これによってJR東日本からキハ40系の定期運用が無くなっている。 　　新潟色（1989頃〜）　　　新潟支社の標準色 　　新新潟色（2007頃〜）　　新潟支社の新たな標準色 　　国鉄急行風塗装（2014頃〜）　キハ40-583、キハ47-1514、キハ48-523
2018.10　旧新潟色：余目駅	2019.2　新新潟色：西袋駅
2018.10　急行風塗装：余目駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 500番台 6 国鉄 1987.4 2020.8 キハ47 500番台 23 2020.4 キハ48 500番台 5 郡山等 1991.3 2020.7
高崎支社
キハ40系は5両のみ所属していた。1991年までに消滅している。
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 5 国鉄 1987.4 1991.4
水戸支社
水郡線にて運用。キハ110系登場後もしばらく残っていたが、1999年に消滅している。　 　　水郡色（1990頃〜）
キハ40系　水郡色
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 13 国鉄 1987.4 1999.6 キハ47 0番台等 5 1992.3
東京地域本社
烏山線で運用されていたもので、7両は国鉄時代、2両はＪＲ東日本となった後でトイレを撤去する改造が行われ、1000番台となっていた。1991年頃から独自の烏山線塗装になったほか、晩年には国鉄一般色風の塗装も登場している。2017年3月に、燃料電池車のＥＶ-301系に置き換えられて運用を終えた。錦川鉄道へ1両、小湊鉄道へ2両譲渡されたほか、3両が那珂川清流鉄道保存会で保存されている。 　　烏山色（1991年頃〜） 　　一般色風塗装（2010.12〜）　キハ40-1003､1007 　　首都圏色復刻（2012.12〜）　キハ40-1004､1005
2015.12　烏山色：宇都宮駅	2015.12　一般色風塗装：宇都宮駅
2018.5　キハ40-1002、1007：那珂川清流鉄道保存会
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 1000番台 7 国鉄 1987.4 2017.5 2 2000番台 1991.8-95.12
長野支社
小海線にキハ40系は投入されず、飯山線で9両のみ運用された。1992年に、キハ40系より20年近く前に登場したキハ52形に置き換えられ、キハ40系は八戸等へ転属している。 　　飯山色（1989年頃〜）
1988.3　飯山色：長野駅？
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 500番台 7 国鉄 1987.4 1992.1 キハ48 500番台 2 1992.1
ジョイフルトレイン
○漫遊→ふるさと 　1995年2月に登場した、水戸地区のお座敷列車。3両編成で、外観は変わっていない。2000年に仙台地区へ転出して「ふるさと」と改称された。
キハ40系「漫遊」
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 漫遊 ふるさと キロ40 1 キロ48 1-2 3 キハ40 2138 キハ48 534､548 1995.2-95.3 2016.9 キハ40 2501 キハ48 2501-02
○リゾートしらかみ・青池→クルージングトレイン 　秋田新幹線開業に合わせて、1997年4月に営業開始した五能線の観光列車。前頭部や側窓など外観も大幅に改造されている。当初は愛称は無かったが、2003年に青池と名付けられた。2006年に1両減車して3両編成となり、2010年の2代目「青池」登場によりまた1両減車してクルージングトレインと改称された。 ○リゾートしらかみ・ブナ 　東北新幹線八戸延伸を受けた増備車で、2003年4月営業開始。3両編成であったが、2010年に青池編成の1両を組み込んで4両編成となった。 ○リゾートしらかみ・くまげら 　2006年3月に営業開始した、リゾートしらかみの3編成目。3両編成で、中間車は青池編成から転用している。2010年に1両増車して4両編成となった。
2009.10　リゾートしらかみ・青池 五能線八森-滝ノ間間	2019.6　クルージングトレイン：上飯島駅
2019.6　リゾートしらかみ・くまげら：上飯島駅
○びゅうコースター風っこ 　2000年6月に営業開始したトロッコ列車。仙台地区を中心に、首都圏や新潟地区などさまざまな地域で運行されている。　 。
2002.7　風っこ：山形駅	2019.6　 風っこ：神宮寺駅
○きらきらみちのく→リゾートうみねこ 　東北新幹線八戸延伸に合わせて、2002年7月に営業開始した、下北・津軽方面の観光列車。リゾートしらかみに似た外観となっている。2010年11月に営業を終了した後、リニューアル改造されて2012年から八戸線の観光列車リゾートうみねことなっている。2020年に引退した。 ○リゾートみのり 　2008年10月に営業開始した、陸羽東線などの観光列車。外観はきらきらみちのくとほぼ同じである。 ○越乃Shu*Kura 　2014年5月に営業開始した、新潟地区の観光列車。外観はほぼ原形のままである。
2016.5　リゾートうみねこ：八戸駅	2018.8　越乃Shu*kura：大沢駅
2012.11　リゾートみのり：陸羽東線鳴子温泉-中山平温泉間
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 リゾートしらかみ・青池 キハ48 533､540､1521､1543 4 同番号 1997.3 リゾートしらかみ・ブナ キハ48 701-702､1701 3 キハ40形 2003.3 リゾートしらかみ・くまげら キハ48 703-704､1503､1521 4 キハ40形等 2006.3 びゅうコースター風っこ キハ48 547､1541 2 同番号 2000.6 きらきらみちのく /リゾートうみねこ キハ48 1505､06､34 3 同番号 2002.6 2020.11 リゾートみのり キハ48 546､549､550 3 同番号 2008.9 2020.9 越乃Shu*Kura キハ40 552 キハ48 558､1542 3 同番号 2014.4
JR東海
高山線、太多線、紀勢線などで運用。機関を換装したものを5000番台に改番したが、後にそれらは3000番台に再改番し、1994年以降に機関を換装したものを5000・5500・6000・6500番台とする。さらに、ワンマン化改造したものは5300・5800・6300・6800番台とするなど、細かく分類された。塗装は基本的にすべて湘南カラーの東海色である。2016年3月にJR東海のキハ40系は消滅している。 　　東海色（1990年頃〜） 　　国鉄一般色風塗装（2011〜）　キハ40-6309等
2016.1　6800番台・東海色：津駅
形式 番号 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台等 14 国鉄 1987.4 2016.3 キハ47 0番台等 5 2015.4   キハ48 0番台等 40 2016.3
JR西日本
近畿統括本部
山陰線、加古川線、播但線運用車は電化により姿を消すが、姫新線では長く活躍する。2008年にキハ122系が登場すると、短期間で置き換えられた。 　　姫新色（1992.2〜）　姫路鉄道部の標準塗装
2007.11　姫新色：播磨新宮駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台等 14 国鉄 1987.4 2013.2 キハ47 0番台等 41 2009.4
金沢支社
国鉄から引継いだのは、敦賀の8両のみ。しかし西日本各地から転入があり、最大24両が城端線・氷見線等で運用された。 　　初代高岡色（1989〜92年頃）　短期間のみ存在したブルーとピンクの塗装 　　旧高岡色（1992年頃〜）　　高岡列車区の標準塗装 　　高岡色（2000年頃〜）　　　高岡列車区の新塗装 　　小浜線色（1989年頃〜）　　　敦賀運転所の標準塗装 　　忍者ハットリくんラッピング（2004.3〜）　初代は2種、2代目は4種 　　城端・氷見線ラッピング（2012.10〜）　高岡、砺波、南砺、氷見の4種
2003.2　高岡色：城端駅
2017.7　ハットリ君塗装：新高岡駅	2018.12　ハットリ君塗装：雨晴駅
2021.11　ハットリ君塗装：越中国分駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 3 国鉄 1987.4 6 加古川等 2004.12- キハ47 1000番台等 15 亀山等 1993.9- キハ48 0・1000番台 5 国鉄 1987.4 1991
福知山支社
国鉄から引継いだのは、キハ47形のみ45両。播但色と呼ばれる独自塗装になっていた。なお、最初の写真は餘部橋梁が撤去される前にと訪問した際のものだが、この後強風で運転休止となり、写真はこの1枚だけに終わった。 　また、キハ41形は、1998年の播但線電化の際に非電化として残る寺前〜和田山間の単行運転のため、キハ47形を両運化したもの。増設した運転台は切妻で、異彩を放っている。 　　福知山色（1989年頃〜）　福知山支社の標準塗装 　　播但色（1999年頃〜）　　播但線103系と同じ塗装 　　銀の馬車道塗装（2009.6〜）　　　キハ41-2003 　　天空の城竹田城（2014.4〜19.5）　キハ40-2007 　　うみやまむすび（2019.7〜）　　　　キハ40-2007
2007.1　播但色：山陰本線餘部橋梁
2016.8　寺前駅	2016.8　銀の馬車道塗装：和田山駅
2016.8　キハ41形：和田山駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ47 0番台等 45 国鉄 1987.4 キハ40 2000番台 2 加古川 1999.10 キハ41 2000番台 5 キハ47 1998.4-99.3
米子支社
国鉄から引継いだのは38両。転入・転出が多く、2020年現在では鳥取に18両、後藤に42両所属している。JR発足直後から、おさかな列車などのラッピングが数多く行われており、1993年に鬼太郎ラッピング車が登場した。2018年から鬼太郎ラッピングは5代目になっている。 　　因美線ラッピング車 　　境港線ラッピング車　　おさかな、ヨット 　　三江線ラッピング車 　　初代鬼太郎ラッピング車（1993.9〜2000.8）　黄緑と紫のベース 　　2代目鬼太郎ラッピング車（2000.8〜07.1）　朱色ベース 　　3代目鬼太郎ラッピング車（2005.11〜10.10）　鬼太郎、ねずみ男、 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ねこ娘、目玉おやじの4種 　　4代目鬼太郎ラッピング車（2009.10〜18.6）　鬼太郎、ねずみ男、 　　　　　　　　　　　　　　　　ねこ娘、目玉おやじ、子泣き爺、砂かけ婆の6種 　　5代目鬼太郎ラッピング車（2018.1〜）　4代目と同じ6種
1990.2　浜原駅	1990.2　備後落合駅 右はキハ45系
2010.5　鬼太郎（4代目）：米子駅	2017.8　ねずみ男（4代目）：弓ヶ浜駅
2017.8　砂かけばばあ（4代目）：弓ヶ浜駅	2017.8　こなきじじい（4代目）：弓ヶ浜駅
2021.12　目玉おやじ（5代目）：米子空港駅	2021.12　ねずみ男（5代目）：米子空港駅
2024.4　とっとりサンド列車：福部-鳥取間
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 15 国鉄 1987.4 キハ47 0番台等 23
岡山支社
岡山支社エリアでは国鉄から65両引継がれ、津山線、吉備線、姫新線などで活躍。岡山色、津山色やさまざまなラッピング車が所属していた。2016年には、国鉄一般色風の「ノスタルジー」も登場。2020年に急行色風塗装に変更となっている。 　　津山色（1989年頃〜）　津山鉄道部の標準塗装 　　岡山色（1997年頃〜）　快速「ことぶき」向けは側窓まわりの塗装が異なる 　　桃太郎ラッピング車（2016.3〜19.4）　キハ40-3004､3005 　　ノスタルジー（2016.4〜）　国鉄一般色風塗装。2020年から急行色風塗装
1990.2　津山色：根雨駅？	2009.12　岡山色：備中高松駅
2016.8　3000番台桃太郎ラッピング：岡山駅
2017.11　ノスタルジー一般色風：岡山駅	2023.2　ノスタルジー急行色風：岡山駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台等 10 国鉄 1987.4 キハ47 0番台等 36
広島支社
国鉄から65両引継がれ、可部線、山口線、山陰線などで活躍。広島地域色となったものもあるが、タラコのままで残っている車両も多い。 　　広島地域色（1990年頃〜）
1990.2　三段峡駅	2016.1　広島地域色：新山口駅
2018.10　3500番台：幡生駅	2024.8　仁保-宮野間
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台等 21 国鉄 1987.4 キハ47 0番台等 44 キハ48 0番台等 5 敦賀 1992頃 2014.6
ジョイフルトレイン
○瀬戸内マリンビュー→et SETO ra 　2005年10月に営業を開始した呉線の観光列車で、前面のデザインや海側の窓配置が大きく変わっている。改造費用は、沿線自治体が負担している。2020年にリニューアルされ、「et SETO ra」となった。
2017.8　瀬戸内マリンビュー：呉ポートピア付近	2023.2　et SETO ra：三原駅
○みすゞ潮騒→○○のはなし 　2007年7月に営業を開始した、山陰線下関地区の観光列車。こちらも海側の窓配置が大きく変わっている。2017年にリニューアルされ、「〇〇のはなし」となった。
2024.9　〇〇のはなし：倉敷駅
○花嫁のれん 　北陸新幹線に接続して、2015年10月に営業を開始した、七尾線の観光列車。車内で食事の提供や伝統工芸品の展示などが行われている。
2017.8　花嫁のれん：和倉温泉駅	.2022.4　花嫁のれん：宇野気駅
○ベル・モンターニュ・エ・メール 　花嫁のれんとともに、2015年10月に営業を開始した、城端線・氷見線の観光列車。愛称は「べるもんた」である。こちらも車内で食事などを楽しむことができる。 ○あめつち 　2018年7月に運転を開始した、山陰線の観光列車。すべてグリーン車で、食事の提供なども行われている。
2017.8　ベル・モンターニュ・エ・メール：新高岡駅付近	2022.5　あめつち：.出雲市駅
○SAKU美SAKU楽 　2022年の岡山ディスティネーションキャンペーンに合わせて登場した観光列車。2022年7月に営業を開始している。
2024.9　SAKU美SAKU楽：岡山駅
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 瀬戸内マリンビュー キハ47 7001-02 2 キハ47 2011､3002 2005.9 2020.7 et SETO ra キロ47 7001-02 瀬戸内マリンビュー 2020.7 みすゞ潮騒 キハ47 7003-04 2 キハ47 46､1107 2007.6 2017.7 〇〇のはなし みすゞ潮騒 2017.7 花嫁のれん キハ48 4､1004 2 同番号 2015.8 ベル・モンターニュ・エ・メール キハ40 2027 1 同番号 2015.9 あめつち キロ47 7005-06 2 キハ47 2010､3016 2018.4
JR四国
国鉄から53両を引継ぐ。JR発足時は松山と高知に配置されていたが、1988年から徳島への転属が始まり、最終的には徳島に集約された。2020年現在も鳴門線などの定期運用が残っている。
2009.12　中田駅	2023.7　��松駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 11 国鉄 1987.4 キハ47 0番台等 42
ジョイフルトレイン
○伊予灘ものがたり 　2014年7月に運行開始した、松山地区の観光列車。海などの景色を見ながら食事を楽しむというコンセプトで、一度廃車になってた車両の車籍を復活して改造している。
.2016.11　伊予灘ものがたり：松山駅付近
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 伊予灘ものがたり キロ47 1401-02 2 キハ47 501､1501 2014.7
JR九州
0・2000番台
国鉄から142両を引継ぐ。引継がれ、塗装はほとんどがJR九州標準色だが、香椎線や日南線には独自塗装があった。後に、出力増強やスピードアップ化改造を受けて改番したものが多いが、2020年現在、未改造のものも残っている。 　　JR九州標準色（1988年頃〜） 　　日南色（1998.2〜） 　　アクアライナー色（2008年〜）
2003.4　宇美駅	1990.2　山本駅
2016.9　アクアライナー色：和白駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ40 2000番台 36 国鉄 1987.4 キハ47 0･500番台等 106
8000・9000番台等
6000・7000番台は、機関換装を行わずに出力増強を図った改造車。8000・9000番台は機関換装を行ったもので、後に6000・7000番台も機関を換装して8000・9000番台となった。また、3500・4500番台は、2軸駆動化したものである。
2019.3　小城駅	2017.3　宮崎-南宮崎間
2023.11　ロマンシング佐賀ラッピング：鍋島駅
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅 キハ40 7000番台 2 2000番台 1997.6 2009.3 キハ47 5000・6000番台 8 0・1000番台 1997.10-11 2012.11 キハ40 8000番台 21 2000・7000番台 1999.3-09.3 キハ47 8000・9000番台 54 0・1000・500・1500・5000・6000番台 1999.10-12.11 キハ47 3500・4500番台 4 500・1500 ･8500･9500番台 2006.3-06.7
キハ140・147形
篠栗線などのスピードアップのため、出力をエンジンを換装して出力を増強したもの。篠栗線電化 後は、熊本地区などに多く転属している。
形式 番台 両数  前歴  登場  消滅  備考 キハ140 2000番台 9 キハ40-2000 1990.11-93.6 キハ147 0番台 17 キハ47-0 1989.12-93.7 1000番台 13 キハ47-1000 1990.1-93.8
2011.9　キハ147形：赤水駅	2017.8　キハ140形：人吉駅
D&S列車
○はやとの風 　2004年の九州新幹線部分開業に合わせて、肥薩線に新設された特急「はやとの風」の専用列車。2004年3月に営業を開始した。車体中央部に大きな展望スペースが設けられていることが特徴である。当初は2両で、2006年に1両追加改造して予備車を確保している。予備車は2012年に「指宿のたまて箱」仕様に改造されたが、引き続き共通の予備車となっている。 ○いさぶろう・しんぺい 　特急「はやとの風」に接続して、肥薩線の吉松〜人吉間で運行される観光列車で、同じ2004年3月の営業開始。2両編成で、外観ははやとの風とほぼ同じである。
2011.9　「はやとの風」：嘉例川駅
2011.9　いさぶろう・しんぺい：真幸駅	2017.8　いさぶろう・しんぺい：人吉駅
○指宿のたまて箱 　九州新幹線の全線開業に合わせて、2011年3月に営業を開始した指宿枕崎線の観光列車。外観はほぼ原形のままである。 ○かわせみ・やませみ 　熊本〜人吉間で運行される観光客向け特急列車。サービスコーナーやソファ席などが設けられている。2017年3月に営業運転を開始している。
2017.3 「指宿のたまて箱」：宇宿駅	2017.8　かわせみ・やませみ：坂本駅
○或る列車 　2015年8月に営業開始したスイーツ列車。原健人氏監修、水戸岡氏デザイン・設計で、「ななつ星」に負けない豪華仕様となっている。キハ40系で初めて「キロシ」という形式になった。
2019.3　「或る列車」：川棚駅付近
名称 番号 両数  前歴  登場  消滅 はやとの風 キハ140 2066 キハ147 1045 3 同番号 2004.2 キハ47 8092 2006.1 いさぶろう しんぺい キハ140 2125 3 同番号 2004.3 キハ140 9082 2004.10 キハ47 8159 2009.7 指宿のたまて箱 キハ47 8060､9079 3 同番号 2011.2 キハ140 2066 2012.3 かわせみ ・やませみ キハ47 8087､9051 2 同番号 2017.3 或る列車 キロシ47 3505､9176 2 キハ47 176､1505 2015.7
車両配置表
管理局 1977 1980 1982 1985 1987 1990 1995 2000 2005 2010 2015 2020 釧路 20 30 30 30 33 30 29 29 29 29 24 旭川 8 15 36 45 45 36 31 32 32 32 32 40 札幌 8 27 57 65 65 54 50 51 60 58 48 40 函館 3 17 17 17 21 33 32 31 31 31 15 盛岡 15 32 32 32 35 49 44 42 40 37 15 秋田 49 64 64 64 72 70 57 52 52 51 51 仙台 38 55 55 55 49 52 57 51 42 32 13 新潟 37 49 39 29 29 37 40 39 38 38 12 高崎 5 5 5 1 水戸 6 15 15 18 18 1 東京北 10 10 10 7 6 7 8 8 8 8 長野 5 9 9 9 名古屋   37 50 50 59 59 59 59 59 59 52 金沢 8 8 8 8 6 6 23 24 26 23 大阪 15 34 39 45 47 50 42 20 3 天王寺 10 13 18 10 4 福知山 16 40 56 51 45 23 21 16 16 19 19 19 米子 26 43 41 38 61 40 56 55 62 62 60 岡山 29 43 43 46 48 54 37 39 42 41 41 広島 28 57 65 65 66 86 100 103 100 102 102 四国     34 45 53 53 53 53 53 43 27 20 門司 16 70 74 77 79 88 89 79 61 59 44 大分 5 5 5 5 6 4 6 9 7 7 5 熊本 14 21 21 18 15 18 8 10 16 15 20 鹿児島 33 43 42 42 42 30 37 42 56 59 53 ※ジョイフルトレインを除く