485系に、横川〜軽井沢間における機関車との協調運転の機能を追加した形式で、1972年3月に登場した。485系と同じく、ボンネット型、貫通型、非貫通型がある。車体・機器等は、485系とほぼ同じである。
国鉄
 0番台  
 1972年に、特急「白山」として営業運転開始。特急「北越」「しらさぎ」等へ順次運用が拡大された。記念すべきトップナンバーの両先頭車が、京都鉄道博物館と小松市のボンネット広場で保存されている。
 
1988.3「北越」:直江津駅 1988.12 「しらさぎ」:名古屋駅
   
2016.6 クハ489-1:京都鉄道博物館 2016.7 クハ489-501
:小松市土居原ボンネット広場 
 200番台  
 貫通型先頭車で、10両のうち6両はJR発足直前の1986年11月に金沢から長野へ転属し、JR東日本へ。残りはJR西日本に引継がれた。
 
1984年頃 「白山」
 300番台  
 非貫通型先頭車で、485系とは違って8両の少数派にとどまった。先頭車としては最後に登場したが、0・200番台より先に消滅している。
1987.3 「白山」:直江津駅
 番号 M
488
M
489
 Tc
489
Ts
489
Td
489
T
489
 前歴  登場  消滅  備考
1- 15 42 10 38 12 12 新製 1971.7-72.3 2015.3
201-  27 10 1972.10-73.3 2011.2
301-   8 1974.3-7 2010.9
1001- 10 1978.7-79.3 1991.6
51- 2 485系 1972.11 1984.12
83 1 485系 1982.11 1988.2
101- 2 181系 1972.2-3 1986.12
1051- 2 485系 1990.10 2010.10
JR西日本
 金沢運転所/金沢総合車両所 
 1973年から489系が所属。JR発足後、オリジナルの白山色が登場し、1993年には急行「能登」の運用が始まる。1997年の長野新幹線開業により「白山」は廃止されるが、「能登」は存続し、国鉄色に戻る。2010年の「能登」臨時列車化により定期運用が無くなり、先頭車1両が車籍を残していたが、2015年に廃車となった。

  1972.3.15  「白山」「雷鳥」にて運転開始(向日町運転所)
  1973.10.1  金沢運転所に転属、「あさま」「北越」運用開始
  1985.3.14  9両編成に変更、「しらさぎ」運用開始
  1986.11.1  「あさま」運用を長野に移管
  1989     白山色への変更始まる(H1-H4編成)
  1993.3.18  急行「能登」運用始まる
  1997.10.1  「白山」廃止
  2000.12-02.3 国鉄色に戻る
  2010.3.13  急行「能登」臨時列車化、定期運用なくなる
1995.11 白山色「能登」:上野駅  2007.10 復活国鉄色「はくたか」:名立駅
 番台 M
488
M
489
 Tc
489
Ts
489
Td
489
 前歴  登場  消滅  備考
0番台 33 33 5 6 2 国鉄 1987.4 2015.3 ボンネット型
500番台 5
200番台   2     貫通型
600番台     2    
300番台 3 非貫通型
700番台   3    
1000番台 10
 ※車両数はJR発足時のもの
 向日町運転所  
 1972年に489系が初めて配置されたところであるが、翌年からしばらくは配置がなく、国鉄末期に少数のクハ489、サハ489が転入して485系とともに運用されていた。
 
JR東日本
 北長野運転所/長野総合車両所 
 JR発足直前の1986年に、特急「あさま」運用車が金沢から移管され、そのままJR東日本へ引継がれた。先頭車はすべて貫通型の200番台。JR東日本では「あさま」「そよかぜ」で運用されるが、1997年の長野新幹線開業により役割を失っている。

  1986.11.1  「あさま」運用を金沢運転所より移管
  1990    「あさま」色に変更
  1997.10.1 北陸新幹線開業により定期運用終了
 
 あさま色
 番台 M
488
M
489
 Tc
489
Ts
489
Td
489
 前歴  登場  消滅  備考
0番台 9 3 1 国鉄 1987.4 2000.4
200番台 9 3  
600番台   3    
 上沼垂運転区/新潟車両センター 
 長野新幹線開業後、特急「あさま」廃止で余剰となった車両のうち、サロ489の2両のみが一時期転入していた。
車両配置表
1972 1975 1978 1980 1985 1987 1990 1995 2000 2005 2010 2012
上沼垂 2 2 2
長野 28 27 29 2
金沢 168 168 175 159 104 95 93 85 35 29 9
向日町 60 2 4 4 2 1 5 5
489系