大分側は犬飼軽便線、熊本側は宮地軽便線として開業。延伸を続け、1928年の全通時に豊肥本線となった。2016年の熊本地震では甚大な被害を受け、復旧までに4年以上を要している。

 1914.4.1 犬飼軽便線大分-中判田間開業(1922犬飼線と改称)
 1914.6.21 宮地軽便線熊本-肥後大津間開業(1922宮地線と改称)
 1928.12.2 宮地-玉来間開業により熊本-大分間全通、豊肥本線と改称
 2016.4.14 熊本地震により、肥後大津-阿蘇間で長期不通
 2020.8.8  全線の運転再開
 
2025.1 朝地〜緒方間
キハ58系列
 1961年に登場した、国鉄初の急行型気動車。基本となるキハ58系のほか、北海道向けのキハ56系、碓氷峠通過用のキハ57系があり、急行からローカル運用まで全国で活躍した。
 キハ58系 
 JR発足時には、ローカル運用のほか急行「由布」「火の山」も残っていた。2005年までに消滅している。
1989.3 阿蘇駅
キハ40系
 老朽化が進むキハ10系やキハ20系の置き換えを目的として、1977年に登場した一般型気動車。暖地向け、寒地向け、北海道向け合わせて888両が製造され、国鉄末期からJR時代にかけて、日本全国でローカル線の主力として活躍している。
 
 
2011.9 キハ147形:赤水駅
50系
 ジョイフルトレイン
○あそBOY→SL人吉
 1988年8月に登場した、SL「あそBOY」専用客車。2009年に再改造され、「SL人吉」専用客車となった。2020年7月の豪雨により肥薩線が不通となったため、その後は不定期で鳥栖〜熊本間などを運行している。
 
1989.3 あそBOY  2021.11 SL人吉:肥前旭駅
 名称 番号 両数  前歴  登場  消滅
あそBOY オハフ50 701-702
オハ50 701
3 オハフ50-0
オハ50-0
1988.8 2009.3
SL人吉 オハフ50 701-702
オハ50 701
3 あそBOY 2009.3
キハ200系
 JR九州管内の、キハ20系、キハ45系や客車列車等を置換えるため、1991年に登場した形式。車体は鋼製で、両開き3扉。全長は21,300mm。デザインは水戸岡さんが手がけており、登場時は「赤い快速」と呼ばれていた。片運がキハ200形、両運がキハ220形となっている。
 100・1000番台 
 100・1000番台は豊肥線向けに登場したワンマン対応車である。また、200番台は行先表示機が大型化されている。
   
 2016.6 100・1000番台:熊本駅  2025.1 200番台:立野駅付近
キハ125系
 JR九州管内におけるキハ45系やキハ52形等を置換えるため、1993年に登場した形式。地方鉄道や第三セクター向けに開発されたNDCシリーズである。車体は鋼製の形開き2扉。全長は18,500mm。デザインはキハ200系と同じく水戸岡さんが手がけている。
 
 おもに久大線・豊肥線、唐津線などで運用されている。
 
2021.11 立野駅付近  2025.1 朝地〜緒方間
815系
 豊肥線熊本〜肥後大津間電化に合わせて1999年に登場した形式。2両編成で、ワンマン運転に対応している。車体はアルミニウム合金製で、日立製作所のA-train。全長20.0mの両開き3扉。座席はロングシート。52両が登場し、熊本と大分に配置された。
 
 熊本配置車のうち8両は豊肥本線高速鉄道が保有していたが、2015年にJR九州へ売却されている。また、N015編成は事故により廃車となったが、車体を活用してN027編成となっている。

   
2020.1 原水駅  2024.6 肥後大津-原水間
 番号 Mc
815
Tc
814
 前歴  登場  消滅  備考
1-26 26 26 新製 1999.5-10  
27 1 1  N015車体 2000.2 廃車代替
821系
 残存している415系を置換えるため、2019年に登場したもので、817系の後継となる3扉ロングシート車。車体はアルミニウム合金製で、日立製作所のA-train。前頭部は鋼製で、縁取りのように並ぶLEDライトが特徴的である。
 当初は鹿児島線のみだったが、豊肥線でも運用されている。
 
2024.6 肥後大津〜原水間 

豊肥本線