車両の耐用年数を短くし、製造コストを下げるという新たな思想のもとに登場した形式。車体はステンレス製の20m級4扉。台車はボルスタレス、軸梁式のDT61とTR246。主電動機はMT68（1時間定格出力95kW)。駆動はTDカルダン、制御はGTO素子のVVVFインバータ、制動は電気指令式（回生併用）で耐雪ブレーキ付きである。幅広車体の500番台と地下鉄直通の1000番台は、外観が大きく異なっている。
2022.11　君津〜青堀間
新製車
900番台・0番台
試作車900番台は、当初は901系と名乗っており、10両編成が3本はすべて製造会社や制御機器等が異なる。量産車0番台は1993年に登場し、京浜東北・根岸線の103系をすべて置換えた。1995年から6扉車の連結を始め、編成の組み換えが行われている。また、南武線にも、1993年と97年に0番台が1本ずつ投入された。京浜東北線では2010年までにE233系に置き換えられて撤退し、2000番台へ改造されなかった車両は廃車となった。南武線運用車も2015年に消滅している。 　900番台の先頭車1両が大井の東京総合車両センター正門前に保存されている。門の外からでは正面が隠れてしまうが、車両基地公開イベントの際には正面も見られる。スカイブルーのまま残る唯一の209系である。　 　　1992.5.7　京浜東北線にて営業運転開始 　　1993.2.15　量産車の運用開始 　　1993.4.1　　南武線運用開始 　　1995.4.20　6扉車登場 　　2007.8.28　900番台の運用終了 　　2010.1.24　京浜東北線運用終了
2017.8　クハ901-1：東京総合車両センター
番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209 T 208 T 209  前歴  登場  消滅  特徴 900番台 6 6 3 3 12 新製 1992.3 2008.1 京浜東北線 0番台 156 156 78 78 78 234 〃 1993.2-97.10 2013.3 4 4 2 2 〃 1993.2､97.2 2015.3 南武線
3000・3100番台
3000番台は1996年3月の八高線電化に合わせて投入されたもので、4両編成4本。外見は0番台とほぼ同じだが、半自動ドアが特徴である。2005年には、りんかい線で余剰となった6両を購入し、中間車2両を新製して3100番台2本が追加され、合わせて6本となっている。2022年に営業運転を終了している。 　　1996.3.16　　　八高・川越線にて3000番台の営業運転開始（4両編成4本） 　　2004.12-05.3　3100番台登場（4両編成2本） 　　2020　　　　　　3000番台消滅 　　2022.1　　　　　3100番台営業運転終了
2018.4　3000番台：拝島駅	2020.9　3100番台：東飯能〜金子間
2021.11　3100番台：拝島〜小宮間
番号 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209 T 209  前歴  登場  消滅  特徴 3001-3004 4 4 4 4 新製 1996.1-2 2020.4 3101-3102 2 2 2 2 新製 りんかい線 2004.12-05.3
500番台
次世代の通勤型電車として209系950番台（のちのE231系）の開発が進められていたが、量産化までのつなぎとして、950番台の幅広車体と0番台の制御機器を組み合わせたような仕様で登場したのが500番台である。10両編成17本で、当初はすべて総武緩行線に投入された。 　2001年から段階的に4本が京浜東北線へ転属。2008年以降は、京葉線、武蔵野線での運用が始まる。2019年に総武緩行線運用が終了し、京葉線1本、武蔵野線11本、3500番台への改造が5本となっている。 　　1998.12.29　総武緩行線にて営業運転開始 　　2001.1.5　　京浜東北線の運用開始（計5本） 　　2008.12.1　京葉線の営業運転開始（4本） 　　2009.12　　京浜東北線運用終了 　　2010.12.4　武蔵野線の営業運転開始（3本、京葉線から転用） 　　2018.3-　　武蔵野線に追加転入（8本） 　　2019.4　　　総武緩行線運用終了
2016.2　総武緩行線：阿佐ヶ谷駅
2017.8　京葉線：潮見駅	2017.3　武蔵野線：新松戸駅
番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209 T 209  前歴  登場  消滅  特徴 500番台 34 34 17 17 68 新製 1998.11-00.3
1000番台
千代田線直通列車の増発のため、10両編成が2本のみ製造された。500番台より後の登場だが、幅広車体ではない。2018年10月に常磐緩行線の運用を終了したが、中央快速線のE233系12両化工事に伴う予備車確保のため、中央線に転用されている。 　　1999.12.4　常磐緩行線にて営業運転開始 　　2018.10.13　常磐線運用終了 　　2019.3　　　中央線運用開始
2015.10　常磐緩行線：金町駅	2019.4　中央線：阿佐ヶ谷駅
番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209 T 209  前歴  登場  消滅  特徴 1000番台 6 6 2 2 4 新製 1999.8-9
改造車
2000番台
0番台を房総地区に転用するため短編成化改造したもので、6両編成26本、4両編成42本が登場した。0番台とはスカートが異なる。房総地区の211系を置き換え、ほぼ全域で運用されている。 　　2009.10.1　房総地区にて営業運転開始
2020.7　物井駅	2023.1　鎌取〜誉田間
番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209  前歴  登場  消滅  備考 2000番台 9 9 0番台 2009.6-13.3   2100番台 94 94 59 59
2200番台
南武線では、0番台が2本のみ運用されていたが、2009年に京浜東北線向け0番台を6両編成に改造した2200番台が3本追加投入されている。2200番台の外観は0番台とほぼ同じである。E233系に置き換えられて2017年2月に運用を終了し、1本は「BOSO BICYCLE BASE」に改造されている。 　　2009.6.12　2200番台の営業運転開始 　　2017.2　　　南武線運用終了
2015.11　矢向駅
番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209  前歴  登場  消滅  特徴 2200番台 6 6 3 3 0番台 2009.5-10.2 2017.9
3500番台
八高・川越線の3000・3100番台を置き換えるために、総武緩行線で余剰となった500番台を4両編成化改造したもの。209系を209系で置き換えたことになる。2018年5月に営業運転を開始した。 　　2018.5.7　八高・川越線にて営業運転開始
2020.9　東飯能〜高麗川間	2021.12　西川越〜的場間
番号 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209  前歴  登場  消滅  特徴 3501-3505 5 5 5 5 500番台 2018.1-9
ジョイフルトレイン
○BOSO BICYCLE BASE 　房総地区方面へのサイクリング客向けに、自転車ラックを設けるなどの改造をしたもの。南武線の運用を終えた2200番台を転用している。2018年1月に運用を開始した。
2020.10　市川駅
名称 番台 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209  前歴  登場  消滅 BOSO BICYCLE BASE 2200番台 2 2 1 1 中原 2017.9
試験車
○Mue-Train 　0番台を改造して登場した、在来線の技術革新のための試験車。次世代の列車情報管理システム「INTEROS」は、この車両の試験結果をもとにE235系で導入されている。下の写真は、浦和駅で見かけたので大宮駅まで追いかけたら、運よくまだ停まっていた。
2022.7　大宮駅
番号 M 208 M 209 Tc 208 Tc 209 T 209  前歴  登場  消滅  特徴 Mue-Train 2 2 1 1 1 0番台 2008.10
車両配置表
1992 1995 1998 2000 2002 2005 2008 2010 2012 2015 2018 2020 2022 2025 浦和 30 380 810 810 830 830 757 226 54 中原 6 12 12 12 12 12 24 24 6 川越 16 16 16 24 24 31 30 30 38 38 28 20 松戸 20 20 20 20 20 20 20 20 習志野 170 150 三鷹 150 120 130 130 130 94 京葉 40 34 34 42 98 98 98 幕張 98 270 324 330 330 282 282 豊田 20 20 20