緑と赤が入り乱れています。
2GのパーティーションにWindows2000を入れて使い続けていたら、当然のようにこの画像のようになりました (あっ、Win9x系のデフラグとは画面が違うかもしれません。後、Win使わない人もごめんなさい!!)。 最適化した後の状態がこれなので、かなりどうしようもありません。
きれいに青の連続したパーティーションになりました。
で、別のパーティーションにWindows2000を入れ直して上のパーティーションをデフラグし直したら、上の画像のようになりました。 めでたしめでたし。

どうやら、Windows2000って、システムがあるパーティーションに関するデフラグには神経質みたいなんですが、他のパーティーション(たとえ他のWindows2000が入っていても)はほとんど気にしないようです。 デフラグしても起動したし、システムがあるパーティーションだって、別に構わないのでは...?って感じですが。 まぁいいや。